Aus einem Beratungsbuch der Gemeinde geht hervor, dass im Jahr 1940 ein nationalsozialistischer Volkskindergarten in Baierbrunn errichtet wurde. Er soll im damaligen Gemeindehaus an der Wolfratshauser Straße/Ecke Postgasse untergebracht gewesen sein. 

Am 4. Mai 1949 entschieden die Gemeinderäte, dass das Häuschen am Sportplatz für den Kindergarten ausgebaut werden sollte. Im Fußballhäusl am Sportplatz wurde nun ab 1. Juli 1949 eine Kindergartengruppe untergebracht, die Frau Walburga Bach betreute. 

Im Jahr 1951 besuchten 17 Kinder den Kindergarten. Im März 1953 machte sich die Gemeinde Sorgen, denn, falls nicht mehr Kinder als bisher den Kindergarten besuchen würden, sollte dieser am 1. November 1953 geschlossen werden. Im Oktober fiel diese Entscheidung jedoch anders aus: Der Kindergarten blieb. Doch im Oktober 1955 wurde das Sportlerhäusl ein Raub der Flammen. Nun durfte der Kindergarten in das neue Schulhaus einziehen. 

Ab 1. März 1957 übernahm Frau Geiger den Kindergarten. 

Im Juni 1960 bemühte sich die Gemeinde nach dem Ausscheiden von Frau Geiger um eine neue Kindergärtnerin. Leider ohne Erfolg. Im September ersuchte die Schulleitung darum, den Raum des Kindergartens bis zur Wiedereröffnung als Bastelraum für Schulzwecke nutzen zu dürfen. Der Gemeinderat stimmte dem Gesuch zu. 1962 wurde dann der Kindergartenraum endgültig als Schulwerkraum eingerichtet.

Durch den Bau des Pfarrzentrums in den Jahren 1971/72 erhielt Baierbrunn wieder einen Kindergarten. Die Trägerschaft übernahm die Kirchenstiftung St. Peter und Paul Baierbrunn. Am 15. Januar 1973 konnte er nun, nach über zwölf Jahren, seine Pforten öffnen.

Der Kindergarten umfasste zwei Gruppenräume mit dazugehörigen Garderoben und Waschräumen, einen Mehrzweckraum, einen Intensivraum, eine Küche sowie ein Leiterinnen- und ein Personalzimmer. Ein schöner großer Garten mit Spielgeräten sorgte dafür, dass die Kleinen auch im Freien spielen konnten. In zwei Gruppen wurden insgesamt 60 Kinder, teils vormittags, teils nachmittags, von zwei Erzieherinnen und einer Kinderpflegerin betreut.

Im Jahr 1994 stellte sich heraus, dass der Kindergarten bald zu klein sein würde, um alle Baierbrunner Kinder aufzunehmen. Deshalb wurde beschlossen, den Kindergarten um eine Gruppe zu erweitern und gleichzeitig den Altbau zu sanieren. Da der Kindergartenanbau jedoch längere Zeit in Anspruch nehmen würde, sollte zum September 1995 eine provisorische dritte Gruppe mit 15 Plätzen im erweiterten Intensivraum des Kindergartens eingerichtet werden. Der Ausbau des Intensivraums des Kindergartens dauerte jedoch etwas länger und so konnte die dritte Kindergartengruppe ihren Raum erst am 16. Oktober 1995 beziehen. Drei Erzieherinnen und drei Kinderpflegerinnen betreuten nun insgesamt 63 Kinder. Im Herbst 1997 wurde mit der Erweiterung des Kindergartens begonnen und bereits im September 1998 wurde die dritte Gruppe mit 25 Kindern belegt, obwohl der Erweiterungsbau noch nicht ganz fertig gestellt war. 
An den Kosten des Anbaus beteiligte sich die Gemeinde Baierbrunn über das gesetzliche Muss hinaus. Ebenso trägt sie einen Teil der laufenden Betriebskosten. 
Am 20. Juni 1999 konnte endlich mit einem großen Fest die Fertigstellung des Kindergartenanbaus gefeiert werden. Gleichzeitig wurde das 25-jährige Bestehen des Kindergartens St. Peter und Paul nachgefeiert, da während der Umbauarbeiten keine Möglichkeit für ein Jubiläumsfest war.

Im September 2008 wurde eine provisorische Kleinkindgruppe (für 2 1/2- bis 4-Jährige) mit 13 Kindern im Turnraum eingerichtet. Doch der Bedarf an Betreuungsplätzen wurde in dieser Zeit immer höher. Deshalb stellte im September 2009 die Gemeinde Baierbrunn einen Container bereit, in dem eine zweite Kleinkindgruppe untergebracht wurde. In dieser Zeit hatte die KiTa drei Kindergartengruppen und zwei Kleinkindgruppen. 

Ab September 2010 blieb der Container der KiTa St. Peter und Paul allerdings wegen Personalmangels einige Zeit leer. Kurz danach wurde in der Gemeinde wegen der hohen Nachfrage nach Betreuungsplätzen ein zweiter Kindergarten von einem anderen Träger eröffnet. Aus diesem Grund beschloss die Kirchenstiftung, dass in Zukunft in der KiTa St. Peter und Paul eine Kindergartengruppe in eine Krippengruppe umgewandelt werden sollte. Hierzu waren allerdings größere Umbaumaßnahmen nötig. Im September 2013 wurde die Krippengruppe eröffnet und provisorisch im Container untergebracht. 

Im Juni 2014 konnte die Krippe in ihren Gruppenraum einziehen und im Herbst 2014 wurde die dritte Kindergartengruppe dann aufgelöst. 

Seit September 2014 besteht die Kath. KiTa St. Peter und Paul aus zwei Kindergarten- und einer Krippengruppe.

2023 feierte die Einrichtung ihr 50-jähriges Bestehen.